mnp_before_refresh_npay_order 함수의 파라미터가 mshop-npay/includes/class-mnp-order.php 파일보니깐 $order 파라미터 하나만 받는거 같은데
문서랑 받는 파라미터 갯수가 달라서 혼동이 됩니다..
또 add_action에 들어가는 함수명이 my_mnp_after_refresh_npay_order이어야 하는데 my_mnp_after_create_npay_order로 되어있습니다.
mnp_before_create_npay_order 함수랑 내용이 똑같은거 보니 카피하시고 수정을 깜빡하셨나봅니다.
잘못된 부분 있다면 메뉴얼 수정 요청합니다.